Η Παλιά Πόλη του Ρεθύμνου δεν σώζει πρωτοχριστιανικά και βυζαντινά μνημεία (παλαιοχριστιανικές βασιλικές και βυζαντινοί ναοί). Άλλωστε τα χρόνια εκείνα το Ρέθυμνο παρέμενε ένας άσημος οικισμός.
Την περίοδο της Βενετοκρατίας, υπήρχαν στην πόλη 36 περίπου ορθόδοξοι ναοί. Από αυτούς σχεδόν κανείς δεν σώθηκε που να μπορούμε να τον ταυτίσουμε με βεβαιότητα. Οι παλαιότεροι σωζόμενοι ναοί οικοδομήθηκαν κατά τον 19ο αιώνα.
Στην ευρύτερη περιοχή του Ρεθύμνου είχε αναπτυχθεί, τουλάχιστον από τη δεύτερη Βυζαντινή περίοδο, ένας σπουδαίος χριστιανικός πολιτισμός, ενώ η πόλη βρισκόταν ακόμη σε παρακμή. Το μαρτυρούν, εκτός από τα τοπωνύμια (Τρία Μοναστήρια, Αγία Ειρήνη, Χρωμοναστήρι), και τα ερείπια ναών και μοναστηριών που συναντούμε και σήμερα στην περιοχή. Τα περισσότερα ιδρύθηκαν κατά την περίοδο της Βενετοκρατίας, όπως η μονή της Αγίας Ειρήνης, κοντά στον ομώνυμο οικισμό, ο ναός της αγίας Παρασκευής, στη θέση Παράδεισος, ο ναός της Υπαπαντής ή Ζωοδόχου Πηγής, στα Τρία Μοναστήρια κ.ά.
Ναοί Πόλεως
Ναός Τεσσάρων Μαρτύρων
Ο νέος τρίκλιτος ναός των Τεσσάρων Νεομαρτύρων Αγγελή, Μανουήλ, Γεωργίου και Νικολάου έχει οικοδομηθεί στη θέση παλαιότερων, ανατολικά της ομώνυμης πλατείας και κοντά στον χώρο του μαρτυρίου τους. Ο πρώτος ναός, που ήταν πολύ μεγαλύτερος, θεμελιώθηκε το 1905 από τον επίσκοπο Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Διονύσιο Καστρινογιαννάκη, αλλά δεν ολοκληρώθηκε ποτέ. Το 1947 κατεδαφίστηκε ως ετοιμόρροπος. Στη θέση του οικοδομήθηκε ένας πολύ μικρότερος ναός, ο οποίος επίσης κατεδαφίστηκε το 1972. Στην ίδια θέση οικοδομήθηκε ο σημερινός ναός, ο οποίος εγκαινιάστηκε στις 28 Δεκεμβρίου 1975.
Σε περίτεχνη λειψανοθήκη, που βρίσκεται στο Ιερό Βήμα του ναού, φυλάσσονται οι τίμιες Κάρες των τριών από τους Τέσσερις Νεομάρτυρες.
Στον υπόγειο χώρο του ναού υπάρχει το παρεκκλήσι του Οσίου Σάββα του Ηγιασμένου (5 Δεκεμβρίου), λειτουργεί ευρύχωρη αίθουσα διαλέξεων και άλλων δραστηριοτήτων.
Ναός της Κυρίας των Αγγέλων
Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία», σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, χτίστηκε τα τελευταία χρόνια της βενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στη Μαρία τη Μαγδαληνή. Στα πρώτα χρόνια της τουρκικής κατάκτησης, ο ναός είχε αφεθεί στους χριστιανούς για λατρεία. Αργότερα οι Τούρκοι τον μετέτρεψαν σε Τζαμί και μάλιστα του πρόσθεσαν και μιναρέ. Σύντομα, η κορυφή του μιναρέ έπεσε και από τότε ακουγόταν σαν «κουτσοτρούλης». Το 1917, μετατράπηκε σε ορθόδοξη εκκλησία. Κάποιοι χριστιανοί σκηνοθέτησαν την εύρεση στα σκαλιά του μιναρέ μιας εικόνας της Παναγίας, που σήμερα βρίσκεται στο πρώτο δεξιά προσκυνητάρι της εκκλησίας και ανάγκασε τους Τούρκους να παραχωρήσουν το ναό στους χριστιανούς.
Μητροπολιτικός Ναός
Ο μητροπολιτικός ναός, η Μεγάλη Ναός Παναγία, θεμελιώθηκε στις 10 Απριλίου 1844 επί επισκόπου Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Καλλίνικου Νικολετάκη, όπως αναγράφεται στην κτητορικη επιγραφή που έχει εντοιχιστεί στη νότια εξωτερική πλευρά του.
Οι εργασίες ολοκληρώθηκαν το 1856. Ήταν μία τρίκλιτη βασιλική, της οποίας το μεσαίο κλίτος ήταν αφιερωμένο στα Εισόδια της Θεοτόκου, το βόρειο στους Τρεις Ιεράρχες και το νότιο στους Αγίους Αποστόλους. Επέζησε έναν αιώνα. Οι φθορές που είχε υποστεί από τους βομβαρδισμούς κατά τον Β” Παγκόσμιο Πόλεμο επέβαλαν την κατεδάφιση του το 1956, μαζί με τα παρακείμενα χτίσματα, τη διαμόρφωση του χώρου και την ανοικοδόμηση του σημερινού μεγαλύτερου ναού των Εισοδίων της Θεοτόκου (21 Νοεμβρίου).
Στη νοτιοδυτική γωνία του ναού υψώνεται το πυργοειδές κωδωνοστάσιο, που κατασκευάστηκε το 1899. Είναι έργο του πρακτικού μηχανικού Γεωργίου Δασκαλάκη και προσφορά των λίγων τότε χριστιανών της πόλης. Η πρώτη καμπάνα πρόσφατα αντικαταστάθηκε και βρίσκεται στο πρώτο Εκκλησιαστικό Μουσείο της πόλης, που λειτουργεί στο ενοριακό γραφείο του ναού και περιλαμβάνει εξήντα περίπου από τους παλαιότερους εκκλησιαστικούς «θησαυρούς» του.
Η εσωτερική διαρρύθμιση του νέου ναού δεν άλλαξε. Το θαυμάσιο ξυλόγλυπτο τέμπλο και οι φορητές εικόνες του επανατοποθετήθηκαν στην αρχική θέση τους. Το τέμπλο είναι έργο του Κυκλαδίτη ξυλόγλυπτη Δημητρίου Ραγουζή και κατασκευάστηκε το 1852.
Το Μέγαρο της Μητροπόλεως Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου βρίσκεται στην ομώνυμη πλατεία, στη συμβολή των οδών Εμμ. Τομπάζη και Πέτρου Μανουσάκη, νοτιοανατολικά του Καθεδρικού ναού. Είναι ένα μονώροφο νεοκλασικό κτήριο.Στην αίθουσα τελετών υπάρχουν τα πορτρέτα των ιεραρχών που αρχιεράτευ-σαν στην οικεία Μητρόπολη. Αυτή η διαρρύθμιση έγινε κατά την τελευταία ανακαίνιση (1971-1972).Η πρόσοψη βρίσκεται στην ανατολική πλευρά και χαρακτηρίζεται από απόλυτη συμμετρία. Σε εντοιχισμένη ορθογώνια πλάκα είναι χαραγμένη επιγραφή που αναφέρεται στην πρώτη ανακαίνιση του Μεγάρου, που έγινε το 1900 με τις ενέργειες του Θ. ντε Χιόστακ, υπεύθυνου τότε των ρωσικών δυνάμεων στο Ρέθυμνο, και τη χορηγία του αυτοκράτορα πασών των Ρωσιών Νικολάου του Β.
Η πλατεία Μητροπόλεως από τα μέσα του 18ου αιώνα αποτελούσε το πνευματικό κέντρο της πόλης. Εκεί βρισκόταν, εκτός του Καθεδρικού ναού και του Επίσκοπε ίου, η Δήμο γερόντια, η αίθουσα των Τριών Ιεραρχών (Πρίγκιπα Γεωργίου), το Νηπιαγωγείο, το Δημοτικό Σχολείο, το Γυμνάσιο Αρρένων (Αρρεναγωγείο) και εκατό μέτρα δυτικότερα, στον περίβολο του ναού της Αγίας Βαρβάρας, το Παρθεναγωγείο, όπου στεγάζεται σήμερα η Δημόσια Κεντρική βιβλιοθήκη Ρεθύμνου. Κανένα από τα κτήρια που υπήρχαν γύρω από τον Καθεδρικό ναό μέχρι στις αρχές της δεκαετίας του 1950 δεν υπάρχει πια.
Ναός Αγίας Βαρβάρας
Δίπλα στη Δημόσια Κεντρική Βιβλιοθήκη Ρεθύμνου, βρίσκεται ο ναός της Αγίας Βαρβάρας που εορτάζει στις 4 Δεκεμβρίου. Έχει σε κάτοψη σχήμα ελεύθερου σταυρού με τρούλο. Αν και δεν σώθηκε η κτητορική επιγραφή, γνωρίζουμε ότι οικοδομήθηκε το 1885 στη θέση παλαιοτέρου ναού στο όνομα της ίδιας Αγίας, πολιούχου του Ρεθύμνου, που εμφανίζεται στους βενετσιάνικους χάρτες από το 1613.
Οι τοιχογραφίες εκατέρωθεν της Ωραίας Πύλης και στον τρούλο είναι έργα του επισκόπου Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Ιερόθεου Πραουδάκη ή Μπραγουδάκη (1882-1896).
Η εικόνα της Αγίας Βαρβάρας στο προσκυνητάρι φέρει τη χρονολογία 1894. Σώζονται τα εξής εκκλησιαστικά βιβλία: Ένα Τριώδιο του 1836, Τέσσερα Μηναία του 1861 και ένας Απόστολος του 1863.
Μονές
Μονή Σωτήρα Χριστού "Κουμπέ"
Η θέση της διακρίνεται σαφέστατα στον θαυμάσιο αναγεννησιακό πίνακα του Ρεθύμνου, που ζωγραφίστηκε στις αρχές του 17ου αιώνα από άγνωστο μέχρι σήμερα ζωγράφο. Δεσπόζει μάλιστα στη δυτική πλευρά του λόφου, πάνω ακριβώς από την πηγή του νερού στην περιοχή του Κουμπέ. Επομένως στις αρχές του 17ου αιώνα η Μονή είχε ιδρυθεί. Εάν επρόκειτο για την πρώτη ίδρυση της, ο βίος της ήταν σύντομος, αφού καταστράφηκε εντελώς το 1646, όταν οι Τούρκοι κατέκτησαν το Ρέθυμνο.
Ανοικοδομήθηκε και επαναλειτούργησε ως γυναικεία Μονή μόλις το 1935, όταν εγκαταστάθηκε εκεί ο γέροντας Νέστορας Βασσάλος, γνωστός αγιογράφος, ύστερα από όραμα που είδε, ενώ μόναζε στη μονή Διονυσίου του Αγίου Όρους. Το δίκλιτο καθολικό είναι αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρα και στον Τίμιο Ιωάννη τον Πρόδρομο.
Οι μοναχές ασχολούνται κυρίως με την τέχνη της βυζαντινής αγιογραφίας. Εξαιρετικά δείγματα της δουλειάς τους είναι οι φορητές εικόνες και οι τοιχογραφίες του Καθολικού.
Το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Μονής περιλαμβάνει τη βιβλιοθήκη του μακαριστού μητροπολίτη Τίτου Συλλίγαρδάκη (1970-1987), καθώς και πολλά ενθυμήματα του.
Μονή Πέτρου και Παύλου
Μονή Αγίας Ειρήνης
Μετά την επανάσταση του 1821, η Μονή οδηγήθηκε σε συρρίκνωση και η αδελφότητα της περιορίστηκε σε έναν ή δύο μονάχους. Στα χρόνια που ακολούθησαν η μονή υπέστη μεγάλες καταστροφές.
Όταν επισκέφτηκε τον χώρο της Μονής ο μακαριστός μητροπολίτης Θεόδωρος Τζεδάκης για πρώτη φορά τη βρήκε έρημη, ρημαγμένη και συρρικνωμένη σε όσο χώρο κατελάμβανε ο σωρός των ερειπίων της. Ευαισθητοποιήθηκε και συνέλαβε αμέσως το όραμα της αναστήλωσης της.
Πάνω στα ερείπια του παλαιού ελαιοτριβείου θεμελιώθηκε, ολοκληρώθηκε και εγκαινιάστηκε στις 8 Απριλίου 1994 περικαλής ναός (παρεκκλήσι) των νεοφανών αγίων μαρτύρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης.
Η βράβευση της στις 2.4.1995 με το ετήσιο Ευρωπαϊκό Βραβείο διατήρησης και ανακαίνισης αρχιτεκτονικών μνημείων Europa Nostra ήταν μια δικαίωση για όλους όσοι συνέβαλαν στην αναστήλωση και την επαναλειτουργία της.
Οι μοναχές της ασχολούνται με την ιεροραπτική, την αγιογραφία, την υφαντική, την κεντητική τέχνη και παράλληλα προσφέρουν σημαντικό πνευματικό έργο.
Στο Εκκλησιαστικό Μουσείο της Μονής φυλάσσονται πολλά άμφια και ενθυμήματα του μακαριστού Μητροπολίτη Θεοδώρου Τζεδάκη.
Μονή Χαλεβή
Η μονή Χαλεβή, στον δρόμο προς το Ρουσσοσπίτι και το Χρωμοναστήρι, είναι ένα ακόμη από τα πολλά μοναστήρια που υπήρχαν κατά τον 16ο και 17ο αιώνα στην ευρύτερη περιοχή του Ρεθύμνου. Λειτουργούσε κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Μάλιστα ένα μεγάλο διάστημα ήταν και σταυροπηγιακή. Το 1900 διαλύθηκε και έγινε μετόχι της μονής Αρσανίου και το 1991 προσαρτήθηκε στη μονή της Αγίας Ειρήνης. Σώζεται μόνο ο ωραίος μονόκλιτος ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου με χρονολογία στο υπέρθυρο 1864. Από τα χτίσματα γύρω από τον ναό μόνο ερείπια υπάρχουν, που υποδηλώνουν την ύπαρξη φρουριακού συγκροτήματος και αποκαλύπτουν στοιχεία λαϊκής κρητικής αρχιτεκτονικής των περασμένων αιώνων.
